Penaklukan dan penjajahan Jepun di Sabah atau borneo utara bermula pada 1 Januari 1942 yang merupakan pendaratan tentera Jepun di Pulau Labuan pada tahun berkenaan. Matlamat dan impian Jepun untuk menakluk Borneo Utara tercapai dengan pantas den cepat, pada 16 Mei 1942 secara keseluruhan negeri ini jatuh ke tangan Jepun.
Setelah jatuh ke tangan Jepun, pentadbiran dibahagikan kepada dua bahagian iaitu bahagian Persisiran Pantai Barat termasuk kawasan pedalaman dan bandar Kudat yang dinamakan ‘Sheikai Shiu’ dan bahagian Persisiran Pantai Timur yang dinamakan dengan nama ‘Tokai Shiu’ Penjajahan dan pemerintahan Jepun mendapat tentangan dari penduduk dan kumpulan-kumpulan gerila.
Antara penentangan yang dilakukan untuk mengusir Jepun dari tanah borneo ialah penentangan yang dilakukan oleh gerakan Gerila Kinabalu yang diketuai oleh Albert Kwok yang berlaku di Persisiran Pantai Barat dan satu lagi penentangan yang dipimpin oleh Datu Mustapha di bahagian utara.
Walau bagaimanapun, gerakan Gerila kinabalu tidak berjaya mengusir Jepun dan gerakan ini terhapus dalam kejadikan pembunuhan beramai-beramai Albert Kwok dan pengikutnya oleh tentera Jepun di Petagas pada 21 Januari 1944.
Pembebesan Borneo Utara dari cengkaman Jepun bermula pada 9 Jun 1945 apabila Divisi Kuasa Imperial Australia Ke-9 menyerang kedudukan Jepun di Labuan, Sabah. Peperangan yang meletus di Borneo Utara berakhir dengan Jepun menyerah kalah secara rasmi yang diwakili oleh Leftenen Jeneral Masao Baba di Pulau Labuan pada 10 september 1945, manakala Kolonel Elimus di Papar menyerah kalas pada 15 september 1945 dan Majer Akashi mengaku Kalah pada 17 september 1945 di Beaufort.
Pihak Jepun menyerah kalah berikutan pengeboman yang dilakukan oleh Pasukan Perikatan ( Australia, British, Amerika Syarikat dan New Zealand). Pengeboman ini juga telah memusnahkan beberapa kawasan di Sabah seperti Sandakan, Jesselton dan Labuan.
